clustal.fa
文件,打开,出现对话框(如图3-2所示),选择“align”进行比对,打开序列比对窗口(如图3-3所示)。Alignment
菜单中 Align by ClustalW
选项(如图3-4 所示),用ClustalW程序进行多序列比对,弹出参数设置对话框(如图3-5 所示),使用默认参数,按“OK”键开始比对。比对结束后,选择 Data
菜单中 Export Alignment
-> MEGA format
选项(如图3-6 所示),将多序列比对结果导出为MEGA格式保存,保存为 clustal.meg
备用,关闭序列比对窗口。BOOTSTRAP值即自展值,可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%,则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低,则有可能进化树的拓扑结构有错误,进化树是不可靠的。