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7.RNA Regulation - II

Features from specific sequencing data
More features can be derived from specific sequencing data for RNA: 
Events
Sequencing Methods
Bioinformatics Tools
​Translation​
Ribo-seq
Ribocode, RiboWave, Xtail
​Structure​
icSHAPE, SHAPE-map, DMS-seq
icSHAPE-pipe, shapemapper2
Modification
m6A-seq, MeRIP-seq, miCLIP
m6aViewer, MeRIP-PF
Degradation
Degradome-Seq (PARE-seq)
sPARTA
...
...
...
​
有些RNA调控事件可以通过于比较特殊的测序方法来测量，例如:
各种RNA修饰(RNA编辑,m6A甲基化等)也会使序列发生改变，进而影响调控因子的结合或导致蛋白序列的改变。常规RNA-seq数据可以用来做RNA编辑的分析，其他的多数RNA修饰需要依赖于特殊的测序方法。
miRNA会通过诱导转录本的降解等方式来调控基因表达。有很多生物信息学方法可以用来预测miRNA的结合位点，也有实验方法如Degradome-Seq (PARE-seq)可以通过对被降解的末端进行测序来对miRNA引发的降解事件进行分析。
很多RNA调控的结果是引起翻译的变化。ribo-seq为研究翻译组提供了有力的工具。
RNA的结构在RNA调控中发挥了很重要的作用。目前已经有不少测序技术可以用来研究不同条件下细胞内RNA结构的变化，如icSHAPE, SHAPE-map等。
Literatures:
​RNA Regulation - Lu Lab Docs​
​RNA Structure Prediction - Lu Lab Docs​

6.5.SNV/INDEL

7.1.Translation: Ribo-seq

Last modified 1yr ago

Events	Sequencing Methods	Bioinformatics Tools
Translation	Ribo-seq	Ribocode, RiboWave, Xtail
Structure	icSHAPE, SHAPE-map, DMS-seq	icSHAPE-pipe, shapemapper2
Modification	m6A-seq, MeRIP-seq, miCLIP	m6aViewer, MeRIP-PF
Degradation	Degradome-Seq (PARE-seq)	sPARTA
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