Bioinformatics Tutorial
Files NeededAdvanced TrainingCourses
Search
⌃K
Links

3.2.KEGG

1) Pipeline

  • KEGG富集分析和GO富集分析用到的统计方法是一致的，二者的差异在于用到的基因集注释不同。

2) Data Structure

2a) getting software & data

  1. 1.
    go to David​
  2. 2.
    参考 文件获取方式下载 KEGG_gene.txt 文件，其内容如下所示，包含了很多人的基因ID：
    ENSG00000001036
    ENSG00000003756
    ENSG00000008018
    ENSG00000012048
    ENSG00000043355
    ENSG00000074755
    ENSG00000079616
    ENSG00000089280
    ENSG00000100591
    ENSG00000100941
    ENSG00000101109
    ENSG00000101974
    ENSG00000104611
    ENSG00000104738
    ENSG00000105738
    ENSG00000113318
    ENSG00000114867
    ENSG00000116221
    ENSG00000116857
    ENSG00000117724
    ENSG00000119285
    ENSG00000121774
    ENSG00000127663
    ENSG00000127884
    ENSG00000128159
    ENSG00000129187
    ENSG00000130640
    ENSG00000131473
    ENSG00000134287
    ENSG00000134644
    ENSG00000136628
    ENSG00000137273
    ENSG00000146263
    ENSG00000153187
    ENSG00000160285
    ENSG00000164818
    ENSG00000164944
    ENSG00000167325
    ENSG00000167548
    ENSG00000170448
    ENSG00000179632
    ENSG00000183207
    ENSG00000187954
    ENSG00000196700
    ENSG00000196924
    ENSG00000198604
    ENSG00000198886
    ENSG00000198899
    ENSG00000206503
    ENSG00000223609
    ENSG00000272822

2b) Input

File format
Information contained in file
File description
Notes
txt
Ensembl Gene id
Ensembl gene id (i.e. Homo sapiens ENSG00000001036)
​

2c) Output

File format
Information contained in file
File description
Notes
txt
Output information
The KEGG ontology & enrichment results of each gene
​

3) Running Steps

  1. 1.
    将上文中的基因ID粘贴到文本框中
  2. 2.
    选择 ENSEMBL_GENE_ID
  3. 3.
    选择 Gene List
  4. 4.
    Submit List
图1 运行DAVID
结果如下图所示
图2 KEGG 富集结果

5) Homework

  • 请用 KEGG enrichment 分析上一章(GO enrichment analysis)中的基因集，比较两章的结果，总结两种方法得到的生物学意义有哪些异同。
Previous
3.1.GO
Next
3.3.GSEA
Last modified 11mo ago