汇报关键结果:
给定样本中AT1G09530.3的平均reactivity值为多少。
汇报关键结果:
外界刺激前后发生差异表达(DESseq)的基因总共有多少个,其中多少个基因上调,多少个基因下调;请给出外界刺激前后表达量上调和下调变化程度最大的基因id,其log2FoldChange值为多少。 绘制差异表达基因的GO/KEGG通路分析。
汇报关键结果:
外界刺激前后发生差异翻译的基因总共有多少,其中多少基因上调,多少基因下调;请给出外界刺激前后差异翻译变化程度最大(上调和下调)的基因id,其差异翻译log2FC_TE_final值为多少。 绘制差异翻译基因的GO/KEGG通路分析图
汇报关键结果:
绘制转录本随hit level变化趋势图,思考应该选择何值作为hit level阈值,为什么. 用于归一化的转录本为哪几个。 给定delta Gini index绝对值大于0.1为结构改变区域,外界刺激后有多少转录本发生了结构改变,多少转录本外界刺激后结构变多,多少转录本外界刺激后结构变少。
汇报关键结果:
绘制Log2FoldChange(TE)和Log2FoldChange(RNA-seq)的关系图,计算相关系数。 思考说明转录本丰度变化和TE负相关的原因。(选做)
汇报关键结果:
绘制结构改变程度和翻译效率TE变化程度关系图。
汇报关键结果:
翻译效率(TE)发生变化的基因的3‘UTR和5'UTR分别富集到的motif是什么?有什么不同? 寻找文献支持,尝试说明这些motif如何影响TE,可能的生物过程。 利用 MEME分析的是 sequence motif,我们能否利用一些预测structure motif 的软件和方法探索一些影响和调控翻译的structure motif?(选做,可以参考该教程:4.2 Structure Motif)
SHAPE-MaP
数据及Ribo-seq
数据均存放于P-cluster
的/data/TA_QUIZ_RNA_regulation/data/riboshape_liulab_batch4
下。/data/TA_QUIZ_RNA_regulation/data/ATH
下P-cluster
的/data/zhaoyizi/software/anaconda3/envs/Riboshape/bin/