Getting Started

Work like a professional!
Learn how to do our jobs efficiently and reproducibly.
1) Document your work - GitHub & MarkDown
Always document your project. We suggest always having a README.md file in your project DIR.
​GitHub 是一个源代码托管平台。
我们鼓励学生在 GitHub 上建立自己的仓库（repo）来托管项目，并添加好 README.md ，使用下文介绍的 Markdown 语言来解释你的工作。
我们也推荐有经验的读者用Git管理自己的代码，可以看这个简易Git教程。
在这里还可以找到海量的优秀开源项目代码，共同碰撞出思维的火花，实现 Social Coding。
​Markdown 是一种通用标记语言，其语法远比 LaTeX 简洁，易于上手，使得用户能专心于写作，而不会被排版分心。
我们建议在Linux里每个重要工作目录都用这个语言来编辑一个README.md文件。
md可以生成 HTML 文件发布在网站上。
md也可以生成 PDF，具有很高的兼容性。
实例有：
github (例如：README.md )
github page （例如：Lu Lab Home Page 的 source code）
gitbook (例如：本文档）
我们鼓励利用github，github自带的wiki，gitbook，清华云等云服务；对习惯离线编辑同学有如下软件推荐： Mac: typora, Bear, MWeb; Windows: typora, Madoko​
​Markdown Syntax | Excel Table to Markdown | Paste to Markdown​
注意： 国内链接 Github 可能不太稳定，可以尝试国内的替代产品，如：Gitee 高校版 (开源中国推出的基于 Git 的代码托管和协作开发平台)
2) Backup your work
It is important to backup your work regularly.
(1) Basic
Cloud storage
​Tsinghua cloud based on seafile 清华云，在校内使用速度快。
其他商业云存储，每个月有免费的备份流量，自己申请账号使用。
Backup tool that comes with the system
Mac: Back up with Time Machine​
Windows: Back up on a Windows-based computer​
Backup your code with GitHub
Create and edit your repositories (repos.) at GitHub on line
You can use Github in Terminal or with GitHub Desktop App to sync your local projects (code) with Github repos.
(2) Advanced
Automatically backup your files in Linux:  see How to backup - Advanced. 
3) How to use this tutorial
除非特殊说明，本章中的命令均是在自己电脑的 Terminal （终端）程序中进行。每一章的操作都在 Docker 中的一个独立的目录（位于用户家目录/home/test下）中进行，我们称其为章节目录。
例如， GSEA 这一章中提到 “以下操作均在 gsea/ 目录下进行。”，指的就是在 /home/test/gsea 下进行该章所有操作，所有相对目录均是相对于该目录。
(1) Teaching Materials
本教程配套了很多练习所需的文件，docker images, 讲解视频等，见 Teaching Materials  
(2) More Learning Materials
我们也推荐了更多的学习资料，见：Appendix I. Keep Learning​
4) Homework
1.注册一个GitHub账户，创建一个repo(仓库)，写好README.md。尝试使用Git（初学者可以用Github的桌面版软件）管理自己的代码并同步GitHub云端和本地文件。
2.开始定期 Backup your work. 
3.学习使用Markdown语言，熟悉其语法, 利用Github的Github Page功能，用Markdown写一个自己的网页，记录一下：1）自己第一堂课的课堂笔记，尤其要解释一下算法(algorithm)和模型(model)的区别；2）本学期生物信息学的学习计划。（注意内容和格式也是评分的标准，内容上要充实、实用和简洁，不写空话和废话；格式上要利用 Markdown 的格式突出条理和重点）。
注： 作业提交一个你的网页的地址即可，提交前请确认互联网可以访问该地址（例如，可以看看手机在断开校内网的wifi的情况下，是否可以通过4G/5G 信号打开和浏览）。
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