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# Setup

## 1) Setup OS

* 由于历史原因，就生物信息数据分析而言，linux操作系统的软件生态比windows好得多，有很多生物信息的工具只支持linux系统。所以熟悉linux操作系统的使用对于学习生物信息是很有必要的。
* 除了需要linux环境，在我们的学习中还会遇到各种软件的依赖。鉴于在自己的笔记本上使用linux环境的同学不多，为了给大家提供linux的操作环境，并且节约一些软件安装的时间，我们提供了两种解决方案:

  * (1) Working in a [**Docker**](/teaching/getting-started/docker.md)
  * (2) Working in a [**Cluster**](/teaching/getting-started/cluster.md) for advanced users

## 2) Learn an Text Editor

学会用文本编辑器（Editor）编辑和存储程序编码是开始工作的第一件事。一些常用的编辑器在Windows，MacOS，Linux等系统里都有。

例如，网上有人推荐的 [7 Best Code Editors For Mac](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#SublimeText)：

1. [CodeLobster](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#CodeLobster) — best of the best  (我不这么认为）
2. [Typora](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#Typora) — **best markdown editor** :star:
3. [Codeanywhere](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#Codeanywhere) — best collaboration features
4. [Visual Studio Code ](https://code.visualstudio.com/)— **best for full stack devs** (recommended theme: [One Dark Pro](https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=zhuangtongfa.Material-theme), [Github theme](https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=GitHub.github-vscode-theme)):star::star:
5. [JetBrains Fleet](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#JetBrains) — best up-and-coming alternative
6. [Sublime Text](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#SublimeText) — **best for beginners**  :star:
7. [Brackets](https://contentmavericks.com/best-code-editor-for-mac/#All7) — best for web developers

### [VS Code](https://code.visualstudio.com/)

上述都是在窗口界面下运行的图形界面的编辑器，例如 [Visual Studio Code ](https://code.visualstudio.com/)(VS Code)的示例如下图（VS Code还推出了AI 插件 Copilot）：

<figure><img src="/files/gkwqXAqjK9bFRNXh6f00" alt=""><figcaption></figcaption></figure>

{% hint style="info" %}
**Tips:**  We can work on a remote computer/cluster using a VS Code Extension: [**Remote Development**](https://code.visualstudio.com/docs/remote/ssh)**.**

**（Recommendation:**  Backup scripts using git in VS Code.）

注意：

* 在VS Code上用git插件时，如果在国内因为被墙的原因连接github会不顺畅，可以等等再试；或者试试直接在服务器的terminal里完成git命令，git在terminal里的命令似乎连接github会顺畅一些。
* 也可以尝试国内的替代产品，如：Gitee 高校版 (开源中国推出的基于 Git 的代码托管和协作开发平台)。
  {% endhint %}

***

此外，我们这里特别介绍一下在 Terminal 下最常用的 [Vim](http://www.vim.org/)。

### [Vim](http://www.vim.org/)

> "It is hard to learn, but incredible to use. "

Vim也有Windows和MacOS的版本，可以兼容鼠标，例如 [MacVim](https://www.vim.org/download.php#mac)。

Vim 的更重要的应用场景是在Linux Terminal中的使用（Linux系统自带 Vim 无需单独安装），它不依赖鼠标，完全靠键盘就可以操作各种编辑，主要就是模式之间的切换，如下图所示：

![Vim 模式切换](/files/-LPVvFZzRDRenIQfTvuk)

> **Tips:** 如果你是第一次使用 Vim，发现熟悉的 Terminal 不见了不要慌，按 `:q` 退回即可。 具体操作请参见 [这里](https://www.runoob.com/linux/linux-vim.html)。

> You can [**learn vim progressively**](http://yannesposito.com/Scratch/en/blog/Learn-Vim-Progressively/), and it will be your last text editor. There isn’t any better text editor that I know of. It is hard to learn, but incredible to use.I suggest you teach yourself Vim in 4 steps:&#x20;
>
> 1. Survive
> 2. Feel comfortable
> 3. Feel Better, Stronger, Faster
> 4. Use superpowers of vim

## 3) Homework

1. 在Windows、MacOS下安装和练习使用Typora, Sublime Text等编辑器。
2. 安装和学习使用Docker (Install Docker, load an image and create a container)。利用 Mac 和 Windows 系统自带的录屏工具录制一个**不超过15秒**的使用录屏（示例：[Run Jobs in a Docker](https://book.ncrnalab.org/teaching/getting-started/pages/-LPVvEZTHXI-OSkoSgED#id-1.3-use-and-exit-the-container) 中的动画）。请用自己的姓名的拼音命名 container，例如 zhangsan\_linux，否则判零分。
3. 在Docker的Linux Terminal里面打开 Vim，练习完全通过键盘来完成各种编辑操作。

> **注:** 作业提交的文件中可以是一系列关键步骤的截图（注意要标好顺序并配文字解释），也可以是一个**不超过15秒**的录屏文件，建议录屏文件上传清华云（或者其他云）提供一个可观看的共享链接即可。

## Have a break

**Craig Venter & Francis Collins** 人类基因组计划竞赛的故事

![](/files/-LPVvH4N2_wdvSbQhyyT)

2000年6月26日，美国总统Clinton等六国领导人共同宣布人类基因组计划的草图完成。在新闻发布会现场，站在Clinton身侧的两位“科研明星”分别是人类基因组计划的官方领导人Collins和Celera 公司的领导人Venter。

此后，这两个人还共同出现在《时代》杂志的封面上。作为一个民间团体，并且是一个饱受争议的民间团体的领导人，Venter能够获得和政府资助的Collins平起平坐的机会。不论围绕在他身上的争议如何，正是由于他引发的这场“科研竞赛”，使原本预计 15年才能完成的计划，整整提前3年即告完成。

Francis Collins和Craig Venter两位杰出科学家身上的标签并不仅限于“人类基因组计划”。

**Craig Venter**

Craig Venter是一位极富有商业头脑的“科学狂人”，在Celera 公司之后，他又先后创建了合成基因组Synthetic Genomics 公司、J. Craig Venter 研究院和Human Longevity公司。他带领团队带领团队成功地把一个合成的基因组转移到了细胞里，这是全球第一个。 如今他也正在向延长人类寿命发出挑战。

Craig Venter 这位科学天才并不是一路优秀着长大的。他高中时期学习成绩并不理想，经常考C和D。据他自己所述，对他人生改变最大的是越南战争。

20岁的时候，他在越战中的海军医院服役，负责对从前线回来的受伤战士进行分组，他能决定哪些可以得到优先治疗。战争是残酷的，生命是如此脆弱，这种决定这谁能活谁会死的事情却让他承受了很大的心理压力，甚至多次想要自杀来逃避……在最艰苦、最恶劣的环境下，他对医学和科学开始产生兴趣。战场上生命如此廉价，这个二十岁的少年开始思考生命的意义，在越战的硝烟与血腥中他树立了自己人生的第一个小目标：如果活着离开越南就去研究生死。

经历了战争的九死一生之后， Craig Venter，这个当初高中都差点无法毕业的小伙子居然用6年是将拿到了生理和药理学的双料博士学位

**Francis Collins**

Francis Collins是优秀的医学-遗传学家，第一个受到两任美国总统（奥巴马和唐纳德川普）直接任命的美国国立卫生研究院院长（NIH director），领导美国精准医疗计划，向人类健康发出新挑战。

Francis Collins是美国国立卫生研究院院长（NIH director），领导人类基因组计划，并发现了多种疾病基因。

去年The David Rubenstein Show采访了 Francis Collins 。Rubenstein问他当年领导人类基因组计划的意义，他说到这些年癌症治疗的变化，个体化用药（personalized medicine），还举了个人例子。他做了基因测序，发现自己糖尿病的风险比普通人高许多，但父母都没有糖尿病，于是改变饮食增加运动，减了35磅体重，变成了另一个人。

Francis Collins是一位低调的科学家，但是他的两大爱好众所周知。他非常喜爱摇滚音乐，他和NIH同事组织了一个摇滚乐队，将生物研究的日常写进他们的歌词里面。摩托骑行是他的另一大爱好，据他自己所述，骑摩托车对他而言是一种享受生命的感觉，这种感觉难以用别的方式来代替。