3.Function Analysis

Fig 1. Overview of existing pathway analysis methods using gene expression data as an example
- 人们可以根据已有的生物学知识把基因注释到不同的功能或通路中,这样每个通路或功能都会对应一个基因集合(gene set),GO和KEGG等就是这样的例子。根据特定领域的专家知识,也可以自己定义一些基因集合。
- 本章中我们将介绍评估在某种处理后发生变化的基因和已知生物学功能的关系的两类方法:
- 另一类是以GSEA(gene set enrichment analysis)为代表的打分方法,按某种指标(如某种处理后基因表达的fold change)对所有基因进行排序,得到一个ranked list,再通过统计检验判断已知对应各种功能/通路的基因集合富集在ranked list 前端,后端,还是没有富集,从而判断各个通路与实验处理产生的变化有正相关,负相关还是不相关。我们将在3.3 GSEA中进行介绍。
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