3.Function Analysis
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一类是所谓的over representation analysis,给定一个基因集合(如表达量显著上升的基因),通过评估该基因集合和已知对应各种功能/通路的基因集合的重叠程度,判断该基因集合富集到哪些功能。和就属于这类分析。
另一类是以GSEA(gene set enrichment analysis)为代表的打分方法,按某种指标(如某种处理后基因表达的fold change)对所有基因进行排序,得到一个ranked list,再通过统计检验判断已知对应各种功能/通路的基因集合富集在ranked list前端,后端,还是没有富集,从而判断各个通路与实验处理产生的变化有正相关,负相关还是不相关。我们将在中进行介绍。
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