5.Network

1) Table of Contents

CHIP-seq一节中,我们介绍了如何通过CHIP-seq数据分析确定特定转录因子和DNA的相互作用关系。本章中我们将介绍更多的推断生物大分子相互关系的生物信息学方法:

2) Files Needed

Method 1: Use docker

5.1 Co-expression Network

docker images的下载链接如附表所示,下载 bioinfo-coexp.tar.gz 启动新的docker.
# load image tarball
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v {host.machine.shared.directory}:/data gangxu/coexpression:1.5
docker exec -it coexpression bash
cd /home/bioc

5.2 miRNA target prediction

docker load -i ~/Downloads/bioinfo_mirna_target.tar.gz
docker run -dt --name mirna --restart unless-stopped -v {host.machine.shared.directory}:/data mirna_targets:1.0
docker exec -it mirna bash
cd /home/test/mirna

5.3 CLIP-seq data analysis

Method 2: Directly Download

  • 如果不使用docker,也可以直接从该链接Files needed by this Tutorial中的清华云Bioinformatics Tutorial / Files路径下的相应文件夹中下载所需要的文件。

3) Teaching Videos (link)

  • PART III: Network